Dossier : Epidemiologie

Sommaire :
Localisation des épidémies
Les reservoirs, les vecteurs ?
Pistes de recherche
Conclusions

LOCALISATION DES EPIDEMIES

Les fièvres hémorragiques à Ebola sévissent dans des régions très localisées d'Afrique équatoriale, notamment en bordure des forêts. Le mode de transmission est à ce jour inconnu… Pourtant ça n'est pas faute de chercher, et ce, depuis la toute première épidémie en 1976. Bilan de 20 ans de recherches :

LES RESERVOIRS, LES VECTEURS ?

Le réservoir naturel et les vecteurs du virus Ebola nous sont pour l'instant inconnus. Des études écologiques de grande ampleur sont actuellement en cours en Côte d'Ivoire, au Gabon et au Zaïre afin de tenter de l'identifier. On ne connaît donc ni l'origine exacte, ni l'hôte du virus, mais on suspecte cependant un hôte animal (singe ? rat ? reptile ? araignée ? chauve-souris ?...). Les études menées sur l'ethnologue suisse contaminée en novembre 1994 laissent penser qu'il pourrait s'agir de rongeurs.

En effet, tant les singes que les hommes meurent après infection. Un primate n'est donc probablement pas l'hôte naturel d'Ebola dans la nature. Le seul élément dont on dispose est la proximité des cas index (premiers cas d'une épidémie) humains et simiens avec les forêts africaines ou des Philippines. Le faible nombre de cas humains rapportés prouve que le réservoir est rare, ou n'a que très peu de probabilité de venir au contact de l'homme. L'hypothèse des chauves-souris avait été avancée après les deux épidémies de Nzara. En effet, les cas index étaient des ouvriers de la cotonnerie dont les hangars hébergeaient ces animaux. Par analogie avec les autres agents responsables de fièvres hémorragiques, les réservoirs suspectés sont en priorité des rongeurs et des arthropodes. A Kikwit, de nombreuses captures d'insectes, de rongeurs, d'oiseaux et de chauves-souris ont été réalisées, dans la zone où le cas index préparait le charbon de bois, mais les résultats ne sont pas disponibles pour le moment. Cependant, aucune autre hypothèse ne doit être écartée ; il a même été évoqué la possibilité d'un virus de plante.

Par ailleurs, le cycle du virus à l'état sauvage est (également !!!) totalement inconnu. Issu d'un mystérieux réservoir écologique, il circule librement dans la nature, véhiculé par un organisme qui le tolère (et ne présente aucun symptôme) mais que nul ne connaît. Des enquêtes sérologiques ont montré que certaines ethnies habitant des zones forestières au Zaïre, au Kenya, au Soudan, et en Centrafrique ont des anticorps dirigés spécifiquement contre le virus (prévalence allant de 1 à 30 %).
Conclusion : Ebola rôde dans les parages... Quelque part dans une forêt, il "erre silencieusement", dissimulé sous une forme non pathogène.

Malgré de nombreuses recherches menées depuis 1976, jamais de trace de ce Filovirus n'a été détectée chez des animaux sains (non primates) vivant autour des foyers épidémiques. Pourtant, un grand nombre de vertébrés (chauves-souris, oiseaux, rongeurs…) et d'invertébrés ont été testés. Il a été conclu que le virus devait circuler dans des zones plus retranchées, au cœur de la forêt équatoriale. Les animaux hôtes seraient donc, soit rares, et ayant un contact limité avec les populations humaines, soit arboricoles, vivant sur le "toit de la forêt" (comme les chauves-souris).

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PISTES DE RECHERCHE

Cependant, lors du colloque "Veille microbiologique et émergences" tenu les 14 et 15 octobre 1999 à l'Institut Pasteur à Paris, des résultats encourageants ont été présentés. En effet, pour la première fois, des séquences du virus Ebola ont été détectées chez de petits mammifères grâce aux travaux réalisés en République Centrafricaine, dans le cadre d'une collaboration entre des équipes de l'Institut Pasteur de Bangui, du CNRS (Université de Rennes I) et de l'Institut Pasteur à Paris.
Les travaux de Marc Colyn, du laboratoire d'ethnologie-évolution-écologie du CNRS, ont en effet conduit à rechercher le virus Ebola ailleurs que dans des zones forestières "refuges". Les résultats de son analyse de la localisation des épidémies d'Ebola, en relation avec l'évolution biogéographique de la forêt équatoriale, ont indiqué que le réservoir devait plutôt se trouver parmi des animaux vivant entre forêt et savane, dans des zones autrefois savanicoles et, depuis, partiellement recolonisées par la forêt.
Parallèlement, des études menées à l'Institut Pasteur de Bangui entre 1994 et 1997 ont prouvé que le virus circule en République Centrafricaine, en mettant en évidence la présence d'anticorps contre le virus Ebola chez des populations humaines (Pygmées et Bantous) vivant dans des zones forestières situées à quelques kilomètres seulement de la lisière savanicole.
Une partie des petits mammifères capturés pour les études écologiques a donc été testée. Ils provenaient des zones mosaïques (en forêt et bordure de savane) de trois sites centrafricains (l'un au nord, en zone savanicole, et les deux autres au sud). Utilisant toute une gamme de techniques, les équipes des Instituts Pasteur ont recherché la présence d'anticorps dans le sang et du virus dans différents organes de 242 petits mammifères (rongeurs, musaraignes et chauves-souris). Le virus vivant n'a jamais pu être mis en évidence. Mais grâce à des outils sophistiqués de biologie moléculaire, des séquences virales ont été détectées chez sept animaux qui ne présentaient pas de signes apparents de maladie au moment de leur capture au sol : une musaraigne (Sylvisorex ollula) et six rongeurs de trois espèces différentes (Mus setulosus, Praomys sp.1 et sp.2), recueillis sur les différents sites. Ces séquences sont identiques à celles des souches de virus Ebola isolées au Congo-Kinshasa et au Gabon.

La preuve est donc faite que ces différentes espèces de rongeurs et de musaraignes ont été en contact avec le virus Ebola. Il s'agit d'espèces terrestres, abondantes et dont l'une est savanicole, à l'inverse des hypothèses admises jusqu'à présent sur le réservoir du virus Ebola.

De plus, l'ensemble de ces résultats s'accorde avec l'histoire de la faune dans cette partie de l'Afrique. Ils montrent en effet qu'il existe un sous-type de virus Ebola commun à la République Centrafricaine, au Congo-Kinshasa et au Gabon, et différent du sous-type isolé en Côte d'Ivoire. Par ailleurs, des études biogéographiques ont conclu que la faune du bassin congolais était nettement différenciée de celle des régions d'Afrique de l'ouest. L'évolution du virus semble ainsi suivre celle de la faune mammalienne, suggérant donc une histoire commune.

Une équipe d'Afrique du Sud a envisagé ses recherches sous un autre angle. Ils ont capturé des animaux sauvages et des plantes et leur ont inoculé le virus Ebola Zaïre. Le but était de voir si des spécimens infectés étaient capables de survivre normalement pour une longue période de temps. Ceux qui survivraient seraient considérés somme suspect potentiel du réservoir naturel. Leur étude montra que les chauves-souris frugivores et insectivores supportent la réplication et la circulation du virus dans leur système sans nécessairement devenir malades. Ceci ne permet évidemment pas de conclure avec certitude que les chauves-souris sont les hôtes des Filovirus. Des données complémentaires seraient donc nécessaires pour confirmer les résultats obtenus dans cette approche tout à fait originale du problème.

Une autre étude a été effectuée par des scientifiques ayant recueilli 18000 animaux et 30000 insectes de la forêt tropicale de Kikwit au Zaïre après l'épidémie de 1995. Les captures incluent 17000 moustiques, 1300 tiques, 640 rongeurs, 150 oiseaux, 55 chauves-souris, des civettes (carnivores, 50 cm de long), des antilopes, des serpents, des lézards et quelques singes. Les échantillons de tissus ont été envoyés dans les laboratoires de la CDC (Center of Disease Control) à Atlanta depuis 1995. Le CDC affirme que, bientôt, ils seront en mesure d'identifier le réservoir.

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CONCLUSIONS

Ces études multidisciplinaires devraient considérablement orienter les recherches sur l'identification du réservoir du virus Ebola : elles apportent notamment une piste pour choisir les sites de surveillance de la faune et proposent une nouvelle stratégie de détection du virus, par des méthodes moléculaires et ultramicroscopiques. Des veilles écologiques et épidémiologiques (associées à une recherche virologique et moléculaire du virus Ebola) des peuplements de petits mammifères sont en cours depuis octobre 1998.
Par ailleurs, assortie d'une approche épidémiologique, ces recherches visent à prévenir, en termes de santé publique, les risques épidémiologiques en tentant d'établir des corrélations entre l'émergence ou la détection de virus, et certaines caractéristiques écologiques des peuplements micro-mammifères.

Rédigé par Christelle Vauloup

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